Enam kui miljon eurot maksma läinud restaureerimistöödega tehti kahe aastaga korda nii kirikuhoone kui ka selle interjöör. Kirikus on nüüd küttesüsteem ja seda saab kasutada aasta ringi. Restaureerimist toetasid Eesti riik, Hiiumaa omavalitsus ja ka rida annetajaid, kelle seas oli eriti suureks toeks Kärdla Kiriku Sihtasutusse kuuluv ettevõtja Enn Kunila. Juhan Hepner uuris Eesti Evangeelse Luterliku Kiriku Kärdla Johannese koguduse juhatuse esimehe Tiit Harjaku käest, mida kiriku kordategemine kohalikule kogukonnale tähendab.