Akadeemia juhatus on 12-liikmeline ja sinna kuuluvad akadeemia president, kaks aseprsidenti, peasekretär, neli osakonnajuhatajat ja neli vabaliiget.

Uude juhatusse kuuluvad 25. septembril teiseks ametiajaks akadeemia presidendiks valitud Tarmo Soomere, asepresidendid Mart Kalm ja Arvi Freiberg ning peasekretär Jaak Järv.

Samuti kuuluvad juhatusse neli osakonnajuhatajat - astronoomia ja füüsika osakonna juhataja  Marco Kirm, informaatika ja tehnikateaduste osakonna juhataja Jakob Kübarsepp, bioloogia, geoloogia ja keemia osakonna juhataja Toomas Asser, humanitaar- ja sotsiaalteaduste osakonna juhataja Valter Lang.

Vabaliikmetena valiti uude juhatusse Martti Raidal, Maarja Kruusmaa, Ülo Niinemets, Tiina Randma-Liiv.

Juhatuse volitused kehtivad viis aastat.