Muuli töötas eelmises valitsuses keskkonnaminister Siim Kiisleri (samuti Isamaa) nõunikuna. Kokku on Aegil nüüd kolm nõunikku - lisaks Muulile ka Kert Karus ja Kati Kuusk.

Kalle Muuli on töötanud 15 aastat Postimehes paljudel ametikohtadel reporterist peatoimetaja asetäitjani. Ta on olnud ka Rahva Hääle asepeatoimetaja (1994-1995), Eesti Päevalehe peatoimetaja (1995-2000) ja Õpetajate Lehe peatoimetaja (2012-2015).

Kalle Muuli juhib koos Hindrek Riikojaga ka Kuku raadio saadet "Muuli ja Riikoja".

Alates 2015. aasta kevadest kuni 2017. aasta suveni oli Muuli riigikogu liige. Isamaaga (Isamaa ja Res Publica Liiduga) liitus Muuli 10. aprillil 2015.