Tegemist on taasliitumisega. Hansen oli erakonna üks asutajatest ja kandideeris Isamaa nimekirjas taasiseseisvunud Eesti esimestel valimistel 1992. aastal.

Eesti Kristlik Demokraatliku Liidu asutajate hulka kuulunud Vootele Hansen valiti 1992. aastal Isamaa nimekirjas riigikokku. Aastatel 1994–1995 oli ta Andres Tarandi valitsuses keskkonnaminister. Aastatel 1995-1998 oli ta Isamaast eraldunud Vabariiklaste ja Konservatiivide Rahvaerakonna (Parempoolsed) liige, kelle nimekirjas valiti ta kaheksandasse riigikogu koosseisu.

1998 ühinesid Parempoolsed Talurahvaerakonnaga Rahvaerakonnaks, millest hiljem sai Sotsiaaldemokraatlik Erakond. 2018. aastal lahkus Hansen SDE-st ning kandideeris valimistel Isamaa ridades. Praegu töötab Hansen õpetajana Tallinna Järveotsa Gümnaasiumis.