Asepresidentideks valiti Rooma-Katoliku Kiriku Eestis piiskop Philippe Jourdan (RKK) ja Eesti Evangeeliumi Kristlaste ja Baptistide Liidu (EEKBL) president pastor Erki Tamm.

Senine juhatus koosseisus president EELK peapiiskop emeeritus Andres Põder ja asepresidendid RKK piiskop Philippe Jourdan ja EEKBL pastor Meego Remmel lõpetab töö 31. märtsil.

Eesti Evangeelse Luterliku Kiriku peapiiskop Urmas Viilma on ka Luterliku Maailmaliidu asepresident.

Eesti Kirikute Nõukogu on kristlike kirikute ja koguduste liitude sõltumatu ja vabatahtlik ühendus. EKN asutati Kuremäel Pühtitsa kloostris 16. veebruaril 1989. aastal.