Varem oli juba esitatud süüdistus Gaitukajevi sugulastele Rustam ja Džabrail Mahmudovile, vahendasid Interfaks jt. Rustam Mahmudovit peab uurimine meheks, kes 7. oktoobril 2006 Politkovskaja tema maja trepikojas maha laskis.

Peale selle on süüdistus esitatud mõrva oletatavale organiseerijale, Moskva organiseeritud kuritegevusega võitlemise valitsuse endisele töötajale Sergei Hadžikurbanovile ja miilitsa erupolkovnikule Dmitri Pavljutšenkovile.

Uurijate arvates korraldas Pavljutšenkov ajal, mil ta töötas õiguskaitseorganites, Politkovskaja jälgimise enda alluvate poolt ning andis Rustam Mahmudovile mõrvarelva.

Uurimisversiooni kohaselt tellis tuvastamata isik Gaitukajevilt ajakirjaniku tapmise, viimane aga andis kuritöö organiseerimise üle Hadžikurbanovile, kuna sattus ise kallaletungi eest Ukraina ärimehele trellide taha. Süüdistatavad ei ole endid süüdi tunnistanud, välja arvatud Pavljutšenkov, kes andis tunnistusi ja sõlmis uurimisorganitega kokkuleppe.

2009. aasta veebruaris mõistis sõjaringkonnakohus tapmise korraldamises süüdistatud Sergei Hadžikurbanovi ning tšetšeenidest vennad Džabraili ja Ibragim Mahmudovi õigeks, kuid ülemkohus muutis otsust ning saatis asja uueks läbivaatamiseks ringkonnakohtusse tagasi.

Rustam Mahmudov peeti selle aasta 31. mail kinni Tšetšeenias.