Botha oli esmalt välisminister 17 aastat, apartheidi lõpuni 1994. aastal. Pärast esimesi rassivabu valimisi 1994. aastal ühines ta Mandela valitsusega.

"Nagu teada, algselt olime me vaenlased," ütles Botha 2013. aastal BBC-le.

"Meie seisukohast juhtis (Mandela) organisatsiooni, mida me pidasime terroriorganisatsiooniks, aga nemad nägid endas vabadusvõitlejaid."

"Muidugi pidi see muutuma," lisas ta, tunnistades, et suhtumist ja mõttelaadi ei ole alati lihtne muuta, aga nad tulid sellega toime. "Tema etendas päästja rolli," sõnas ta Mandelale viidates.

Bothat iseloomustati "hea mehena, kes töötas halva valitsuse heaks", ehkki ta kaitses aastaid apartheidisüsteemi.

Tal oli korduvalt kokkupõrkeid president P.W. Botha valitsusega. Nad ei olnud sugulased.

1985. aastal kirjutas Botha kõne, milles tegi ettepaneku Mandela vanglast vabastada. See sai teoks alles 1990. aastal.

Aasta hiljem ütles ta, et ühel heal päeval juhib riiki mustanahaline president, ja sai selle eest oma ülemuselt avalikult nahutada.

Mandela valitsuses oli Botha kaevandus- ja energiaminister. 1996. aastal läks ta erru.