Aserbaidžaani tee iseseisvusele kulges läbi sügava rahvusliku konflikti armeenia elanikkonnaga ning Mägi-Karabahhi pärast peetud relvakonflikti.

Pealinnast Bakuust 30 km kaugusel asuvas tööstuslinnas Sumgaitis elas 1988. aastal 18 000 armeenlast. Saatus tahtis, et just Sumgait sai kohaks, kus Aserbaidžaan andis esimese vastureaktsiooni Mägi-Karabahhi armeenlaste soovile ühineda oma emamaaga.

Veebruaris vallandunud pogrommi käigus tapeti ametlikel andmetel 26 armeenlast. Hukkus ka kuus aserbaidžaanlast. 29. veebruaril viidi Sumgaiti lennukitega Nõukogude Liidu sisevägede polk rahutuste mahasurumiseks.

ÜRO põgenike ülemkomissari aruandes märgiti, et esimesed põgenikud Nõukogude Liidu territooriumil tekkisidki pärast Sumgaiti sündmusi. Pool miljonit inimest, peamiselt armeenlased, põgenesid Aserbaidžaanist Armeeniasse ja aserid vastupidises suunas. Etniline puhastus kogus hoogu.

12. jaanuaril 1990 esinesid kaks Aserbaidžaani Rahvarinde radikaalsema tiiva liidrit riiklikus telekanalis ja teatasid, et Bakuu on üle ujutatud põgenikega Armeeniast, kui samal ajal tuhanded armeenlased elavad pealinnas täielikus mugavuses. Järgmisel päeval algasid armeenlaste vastu suunatud pogrommid. Ööl vastu 20. jaanuari ründasid nõukogude armee üksused Bakuud ülesandega kehtestada pealinnas eriolukord.

Pärast armee rünnakut armeenlaste pogrommid lõppesid, kuid kokkupõrgetes sai ametlikel andmetel surma 134 ja vigastada 700 linnaelanikku, valdavalt aserid. Hukkus ka 20 nõukogude sõjaväelast.

Nahhitševanist pärit Aserbaidžaani KGB esimees ja seejärel kompartei juht Heidar Alijev kutsuti 1982. aastal Moskvasse, kus ta edutati Nõukogude Liidu kompartei poliitbüroo liikmeks ja ministrite nõukogu esimehe esimeseks asetäitjaks. Ta lahkus nendest ametites 1987. aastal vastuolude tõttu Mihhail Gorbatšoviga.

Jaanuaris 1990, päev pärast vägede viimist Bakuusse, andis Alijev Moskvas Aserbaidžaani esinduses pressikonverentsi, kus ta mõistis vägede sisseviimise hukka ja süüdistas Gorbatšovi konstitutsiooni rikkumises.

1990. aasta jaanuaris deklareeris Nahhitševani autonoomse nõukogude vabariigi ülemnõukogu kavatsusest Nõukogude Liidust välja astuda. Seega oli Nahhitševan esimene Nõukogude Liidust eraldumist kuulutanud piirkond! Nahhitševani autonoomia on ülejäänud Aserbaidžaani territooriumist eraldatud Armeenia Zangezuri piirkonnaga, lisaks on sellel piir Türgi ja Iraaniga.

Alijev siirdus Moskvast tagasi oma sünnimaale Nahhitševani. Seal valiti ta 1990. aasta sügisel Nahhitševani esindajaks Aserbaidžaani NSV ülemnõukogus. 3. septembril 1991 valiti Alijev Nahhitševani ülemnõukogu esimeheks.

Pärast augustiputši läbikukkumist võttis Aserbaidžaani ülemnõukogu vastu deklaratsiooni riikliku iseseisvuse taastamisest. 8. septembril toimusid Aserbaidžaanis presidendivalimised, mille võitis ainus kandidaat, Aserbaidžaani NSV kompartei esimees Ajaz Mutalibov. Nahhitševani ülemnõukogu – medžlis – boikoteeris valimisi. Mutalibov ähvardas vastuhaku maha suruda. Alijev vastas omakorda, et sõjalise sissetungi korral kaitsevad 330 000 Nahhitševani elanikku medžlisi, nagu Moskva elanikud kaitsesid augustiputši ajal Valget maja.

Mägi-Karabahhi pärast Armeeniaga peetud sõja taustal nõudis opositsiooniline Aserbaidžaani Rahvarinne Mutalibovi tagasiastumist. 6. märtsil 1992, pärast Aserbaidžaani relvajõudude kaotusi Mägi-Karabahhis ja selle ümbruses Armeenia üksustele, astuski Mutalibov tagasi. Aserbaidžaani armee ebaedu aga jätkus ning Mutalibovi poolehoidjad organiseerisid miitingu tema presidendiametisse ennistamiseks.

14. mail 1992 ennistaski ülemnõukogu Mutalibovi presidendiks. Samal päeval kehtestas Mutalibov Bakuus erakorralise seisukorra ja komandanditunni, keelustas miitingud ja meeleavaldused. Opositsioon sellega ei leppinud ning pealinnas puhkesid protestimeeleavaldused. Kiiresti vallutasid nad kõik ametiasutused ja lõpuks ka presidendipalee, kuid presidenti seal enam ei viibinud. Mutalibov oli Vene sõjaväelennukil põgenenud Moskvasse.

Uueks presidendiks valiti Rahvarinde juht, nõukogudeaegne dissident, ajaloolane-arabist Abulfaz Eltshibei. Tema valimisloosungiks oli "Türkism, islamism, moderniseerimine". Eltshibei valitsemise ajal võeti suund SRÜst eemaldumisele ja lähenemisele Türgiga. Kasutusele võeti oma raha manat ning kirillitsa asendati ladina tähestikuga. Tema valitsus pidi tegutsema sügava majanduskriisi tingimustes, Armeenia vallutatud aladelt põgenes miljon koduta jäänud aserbaidžaanlast.

1993. aasta suvel puhkes valitsusvastane relvastatud mäss kolonel Suret Huseinovi juhtimisel, kelle Eltshibei oli eduka lahingutegevuse eest Mägi-Karabahhis nimetanud rahvuskangelaseks.

Püüdes vältida kodusõda kutsus Eltshibei 9. juunil Bakuusse Heidar Alijevi. Seadusi rikkudes valiti Alijev parlamendi liikmeks ja kohe ka esimeheks. Eltshibei põgenes ootamatult Nahhitševani kodukülla. Alijev organiseeris referendumi, millega avaldati Eltshibeile umbusaldust. 3. oktoobril 1993 toimunud presidendivalimistel kogus Heidar Alijev 98,8 protsenti valijate häältest. Ta lõpetas sõja Armeeniaga, mis lubas pöörata tähelepanu majandusliku olukorra parandamisele.

Alijev hakkas sihikindlalt võimu oma kätte koondama. Tänaseks opositsiooni ja vaba ajakirjandust Aserbaidžaanis praktiliselt enam ei eksisteeri, kogu kontroll riigi üle on perekond Alijevi käes. Kui Heidar Alijev 2003. aastal suri, läks võim üle tema pojale Ilham Alijevile.

Seega on Aserbaidžaan seni ainukene endine liiduvabariik, kus on õnnestunud võimu üleandmine perekonna sees pärijale. Presidendil on Aserbaidžaanis pea piiramatu võim ja ta võib olla eluaegne riigipea. Aserbaidžaani perekondliku võimuladviku rahapesuskeemid ja Euroopa poliitikute äraostmine oma huvide esindamiseks nende suu läbi on selle riigi igapäevane praktika.

Ehkki Venemaa seljataga võis Aserbaidžaan ajada koostöös lääneriikidega avatud uste majanduspoliitikat, toetatakse rahvusvaheliselt pea alati Venemaad ka kõige avantüristlikumates ettevõtmistes. Nii uskumatu kui see ka ei tundu, on Venemaa teinud territoriaalseid loovutusi just Aserbaidžaanile. 2010. aastal andis Venemaa Aserbaidžaanile üle kaks lesgidega asustatud küla Dagestanis. 2013. aastal sai Aserbaidžaan Venemaalt Dagestanist lisaks kolm talikarjamaade piirkonda.

Alles pärast 2020. aasta edukat sõda Armeeniaga okupeeritud alade tagasivallutamiseks on Aserbaidžaani välispoliitikas domineerimas tihedad liitlassuhted Türgiga. Türgi sõjaline toetus teises Karabahhi sõjas on Aserbaidžaanile andnud julgust Venemaa vastu.

Aserbaidžaani majandustõusu taga on nafta. Iseseisvunud Aserbaidžaani jaoks oli otsustava tähtsusega 20. septembril 1994 sõlmitud nn sajandi leping. See nägi ette hiigelinvesteeringuid naftaleiukohtade kasutuselevõtuks ja töötlemiseks ning õigust Kaspia mere sügavusest ammutatava nafta jagamise kohta kaheksa riigi (Aserbaidžaan, Türgi, USA, Jaapan, Suurbritannia, Norra, Venemaa, Saudi-Araabia) 13 suurkorporatsiooni vahel. "Sajandi tehingu" leping nägi ette, et 80 protsenti naftapuurimisest saadavast puhaskasumist jääb Aserbaidžaanile ja 20 protsenti välismaistele investoritele.