Pühakodade programm on siiani jaotunud kahte perioodi. Aastatel 2003-2013 oli eelarve kokku 9,2 miljonit eurot, millest lõviosa (7,9 miljonit eurot) läks pühakodade säilimiseks vajalike remonttööde toetusteks.

Restaureerimistoetused jagunesid konfessioonide vahel nii, et Eesti Evangeeliumi Luteriusu Kirik sai summast 67 protsenti ehk 5,2 miljonit ja Eesti Apostlik-Õigeusu Kirik sai 24 protsenti ehk 1,9 miljonit eurot.

Programmi II perioodil (2014-2018) on praegu nelja aasta eelarved kokku olnud 2,9 miljonit eurot ning pühakodade remont- ja restaureerimistöid on toetatud summas 2,53 miljonit eurot. EELK on saanud 1,6 miljonit (64 protsenti) ja EAÕK 0,78 miljonit (30 protsenti).

2018. aasta on käimasoleva programmi viimane aasta ja selle rahastamisotsused tehakse jaanuaris. Sealt edasi valitsuse tasandil otsus puudub – siiani pole ei lõpetamise ega ka jätkamise ostust.

Lisaks pühakodade programmile on riik rahastanud kirikute kordategemist ka teistest allikatest, ennekõike otse kultuuriministeeriumi eelarvest.

Muinsuskaitseamet on pidanud selles vallas mitteametlikku arvestust ja selle kohaselt on aastatel 2005 – 2017 ministeeriumi kaudu rahastatud 13,4 miljoni euro eest kirikute renoveerimisi.

Selle summa sisse mahub 5,4 miljonit eurot Tartu Pauluse kiriku eest. Teised suuremad eraldised on olnud Tartu Jaani ja Narva Aleksandri kirikule.

Eestis on kokku pea 500 pühakoda - kirikut, kabelit, tsässonat, neist 250 on muinsuskaitse all.