Nõukogude Liidu kompartei juhiks saanud KGB esimees Juri Andropov algatas 1983. aasta aprillis korruptsiooniga võitlemise loosungi all nn puuvillaloo uurimiskomisjoni. Uurimise käigus avastati tohutu ulatusega juurdekirjutused ja korruptsioon Usbeki NSV kõrgemas juhtkonnas.

24 aastat Usbeki NSV kompartei eesotsas olnud Šaraf Rašidovi süda ei pidanud pingele vastu ja ta suri. Järgnenud puhastuste käigus mõisteti peaaegu kogu Usbeki NSV juhtiv ladvik süüdi.

Kompartei uueks juhiks määrati Kremlist endine Usbeki NSV ülemnõukogu esimees Imanžon Usmanhodžajev. Kuid tema karjäär jäi lühikeseks. Mihhail Gorbatšovi perestroika käigus süüdistati tedagi korruptsioonis. 1988. aasta alguses saadeti ta pensionile, aasta hiljem mõisteti talle puuvillaloo raames 12 aastat vanglakaristust. Tõsi, ta vabanes vanglast hea käitumise tõttu juba vähem kui aasta pärast.

Usbeki NSV kompartei uueks juhiks sai Gorbatšovi soosik Rafik Nišanov. Ta oli töötanud Nõukogude Liidu suursaadikuna Sri Lankal, Maldiividel ja Jordaanias. Usbekistanis sai ta selles ametis olla vähe aega, sest varsti kutsus Gorbatšov ta Moskvasse, kus temast sai Nõukogude Liidu ülemnõukogu rahvuste nõukogu esimees.

Eeltoodud sündmused avasid tee võimu juurde Islam Karimovile. Kaškadarja oblasti kompartei juht oli tolleks ajaks üks väheseid puuvillaloost puutumata jäänud juhte Usbeki NSV-s. 1988. aasta alguses Usbeki NSV kompartei juhiks määratud Karimov võttis omale esimesena Nõukogude Liidu vabariikide juhtidest presidendi tiitli. Märtsis 1990 valiti ta presidendiks ja sama aasta novembris võttis ta omale ka valitsusjuhi koha.

1991. aasta märtsis korraldatud referendumil agiteeris Karimov rahvast jääma Nõukogude Liitu. Nii hääletaski 70,2 protsenti Usbeki NSV elanikest Nõukogude Liitu jäämise poolt. Kuid juba sama aasta augustis, kümme päeva pärast ebaõnnestunud riigipööret hääletas uuel referendumil juba üle 98 protsenti elanikest iseseisva Usbekistani poolt. Esimest korda presidendivannet andes hoidis kommunist Karimov kätt Koraanil.

1990. aastal toimunud Usbeki NSV ülemnõukogu valimistel said kommunistid üle 90 protsendi häältest. Pärast iseseisvuse väljakuulutamist 31. augustil 1991 töötas ülemnõukogu sama koosseis veel kuni 1994. aastani. Seejärel valiti uus parlament Olii Mažlisi, kus siis ja edaspidi andsid tooni endised kommunistid. 2003. aastal moodustas Karimov neist oma võimupartei, irooniliselt kõlava nimetusega Usbekistani liberaal-demokraatliku partei.

Enne bolševike võimu ja enne seda, kui Jossif Stalin asus Kesk-Aasia rahvastele piire mõõtma, oli Fergana org alati olnud üks terviklik valitsemisala. Bolševikele oligi kõige olulisem ära jagada keset viljatuid poolkõrbeid ja kõrbeid ning mäeahelikke asuv viljakas oaas, Sõrdarja jõe org Fergana.

Sellest said tüki kolm kunstlike piiridega joonistatud Kesk-Aasia Nõukogude Liidu vabariiki. Usbekistan sai suurema osa orust, Kõrgõzstan oruga piirnevate mäeahelike nõlvad ja Tadžikistani piiridesse lõikub sügava ussijätkuna lõunapoolne sissepääs orgu. Etnilisest kirevusest tingitud pinged ootasid oma aega. Niipea kui Nõukogude Liit hakkas kokku varisema, lõid need pinged kohe välja.

1989. aasta juunis korraldasid usbekid ülerahvastatud ja vaesunud Fergana orus pogrommi sinna pärast teist maailmasõda Gruusiast küüditatud meskheti türklaste vastu, kes olid sunnitud elu päästmiseks põgenema Venemaale, Kasahstani ja Aserbaidžaani. Sekkuma pidi armee, mis evakueeris 17 000 meskheti türklast Venemaale, lisaks põgenes Usbekistanist veel 70 000 selle vähemuse esindajat. Rahutustes sai surma 103 inimest, rööviti ja põletati maha 757 elumaja.

Usbekistani president Karimov surus kiiresti maha rahvusliku opositsiooni ja kehtestas isikliku diktatuuri. Ehkki Usbekistani põhiseadus nägi ette presidendile maksimaalselt kahte ametiaega, ei takistanud see Karimovil eluaegset valitsemist. Nii valiti Karimov rahva tungival nõudmisel presidendiks ka kolmandaks ja neljandaks ametiajaks 2007. ja 2015. aastal.

Karimov ajas isolatsioonipoliitikat. Impordile kehtestatud tollimaksud ulatusid kohati 120 protsendini kaupade maksumusest. Usbekistani piiril Kõrgõzstani ja Tadžikistaniga oli palju vaidlusaluseid piirkondi, kus ajuti tekkisid isegi relvakonfliktid. Vähe sellest, et Usbekistani poolt võidi valimatult maha lasta nn piiririkkujaid, lõid sõjaväelased Usbekistani piiril miinivälju mägipiirkondades, mis tõid kaasa hulgaliselt süütuid ohvreid. Karimov põhjendas seda islamistide sissetungi peatamisega.

Kui igasuguse teisitimõtlemise likvideerimise käigus jäid diktatuurile ainsaks vastupanukoldeks kohalikud usujuhid, sai Karimovist uuesti veendunud ateist, sõjakas võitleja islamiäärmusluse vastu. Muidugi, islamiäärmusluse likvideerimise sildi all likvideeriti ühtlasi igasugune protest.

Ilmekas näide sellest on 2005. aasta mais võimu vastu toimunud protestid Andižani linnas. Tuhanded inimesed nõudsid Andižani keskväljakul elutingimuste parandamist ja poliitilisi vabadusi. Sõjavägi ajas demonstratsiooni laiali, avades demonstrantidest naiste ja laste pihta tule. Ametlikel andmetel hukkus 187 inimest. Lääs mõistis rahulike demonstrantide tulistamise üheselt hukka. Karimov aga väitis, et see oli islamistide ülestõus ja keegi ei andnud tulistamiseks käsku.

Tõepoolest, islami fundamentalistidest löömamehed korraldasid pealinnas Taškendis terroriakte ja pommiplahvatusi 1999., 2000. ja 2004. aastal, samal ajal toimusid naaberriigis Kõrgõzstanis valitsusvägede ulatuslikud kokkupõrked usbekkide relvastatud opositsiooniga.

Usbekistan on olnud SRÜ riigina Venemaa liitlane, kuuludes ühistesse majandus- ja julgeolekuliitudesse. Karimovi-aegse Usbekistani reaalsus oli tohutu korruptsioon, suurte häiretega toimiv gaasi- ja elektrivarustus, äärmiselt ebastabiilne valuuta, töötus ja vaesus. Usbekistani tööealisest elanikkonnast kümme protsenti töötab välismaal, neist omakorda ligi 60 protsenti Venemaal. Venemaale orienteeritud Usbekistan kuulub maailma viie suurima puuvillatootja hulka, eksporditakse ka gaasi, mingil määral naftat.

Islam Karimov suri 2016. aasta septembris. Tema surma hoiti mitu päeva saladuses, et kindlustada võimutransiit. Tema järeltulijaks sai peaminister Šavkat Mirzijojev, kellele kuulus Karimovite perekonna soosing. Sama aasta lõpus valiti Mirzijojev Usbekistani presidendiks.

Mirzijojev asus välja juurima Karimovite mõju võimustruktuuridest. Esmalt korraldas ta suure puhastuse jõustruktuurides ja prokuratuuris. Islam Karimovi vanemale tütrele Gulnara Karimovale mõisteti mitme kriminaalasja käigus kokku 13 aasta ja nelja kuu pikkune vanglakaristus. Teda süüdistati maksude maksmisest kõrvalehoidmises, riigivarguses, väljapressimises ja oma offshore-firmade dokumentatsiooni hävitamises.

Nooremal tütrel Lola Karimoval on olnud õnnelikum saatus. Isa võimu ajal väliskaubanduse privileegide pealt hiigelvaranduse teeninud Lolat sunniti oma ettevõtted maha müüma ja ta elab koos abikaasaga USA-s.

Mirzijojev on ennekõike parandanud suhteid oma naabritega. Miiniväljad piiril on likvideeritud ja Usbeki piirivalvurid ei tulista enam valimatult piiriületajaid nagu varem. Ilmselt ei ole Usbekistani suhted Kõrgõzstani ja Tadžikistaniga olnud kunagi varem nii head nagu praegu, Mirzijojevi ajal.

Mirzijojev on mõningal määral püüdnud liberaliseerida riigi majandust. SKT ühe elaniku kohta oli Usbekistanis 2020. aastal 7449 USA dollarit. Selle näitajaga edestatakse endistest nõukogude vabariikidest ainult Kõrgõzstani ja Tadžikistani, jäädes 1,7 korda alla Euroopa vaeseimale riigile Moldovale.