Juunikuu esimesel kümnel päeval määrab Eesti ilma Venemaal oleva kõrgrõhuala lääneserv, mida mööda saabub meile lõunast väga soe ja niiske õhumass, kus kümnepäevaku lõpul arenevad hoovihma- ja äikesepilved. Õhutemperatuuri maksimumid tõusevad sisemaal kohati üle 30°C.

Pärast 10. juunit Venemaa kõrgrõhuala mõju väheneb ja väga soe õhk taandub aeglaselt itta. Jaanikuu keskpaiku on põhja poolt oodata paariks päevaks jahedamat õhumassi. Seejärel taastub juunile tavapärane läänevool. Ilm on mõõdukalt soe ja aeg-ajalt sajab vihma.

Kuu keskmine õhutemperatuur tuleb keskmisest kõrgem, juunikuu norm on 13,1...15,5°C. Sademeid on normi piires ehk 47...87 mm, kusjuures kogu perioodi vältel sajab aeg-ajalt hoovihma ja on äikest, kuid sajusummad on piirkonniti väga erinevad. Kuivem on kuu esimene pool.