Siiski esineb projekti juhtimises ebaefektiivsust, mis võib viia selleni, et projekti elluviimisel ületatakse kokkulepitud eelarvet ja ajakava.

Hinnanguliselt läheb 870- kilomeetrine raudteeliin Tallinnast Leedu-Poola riigipiirini maksma 5,79 miljardit eurot. Euroopa Liit kaasfinantseerib projekti Euroopa Ühendamise Rahastu toetusfondist umbes 85% ulatuses. Siiani pole projekti elluviijatel õnnestunud hoida kokkulepitud tegevusi ajakavas ega esialgu prognoositud eelarve piires. Projekt on kokkulepitud ajakavast poolteist aastat maas.

Projekt ei pruugi valmida enne 2030. aasta märtsi, kui riskid realiseeruvad ja projekti elluviimiseks vajalik raha ei ole õigel ajal kättesaadav. Prognoosi kohaselt ületatakse esimese allkirjastatud rahastusleppe eelarvet 59,3 miljoni euro võrra.

Indrek Kiiser küsis riigikontrolör Janar Holmilt, milles on riikide vahel kõige rohkem erimeelsusi.