Shanahan, kes on töötanud riigiametis vähem kui kaks aastat, määrati kaitseministri kohusetäitjaks, kui senine kaitseminister James Mattis eelmise aasta lõpus ametist tagasi astus, vahendasid Axios ja Hill.

Mattis esitas tagasiastumisavalduse pärast seda, kui Trump tegi teatavaks otsuse USA sõdurid kiirkorras Süüriast välja tuua. Mattise tagasiastumisavaldus sai USA meedias palju vastukaja ning selles nähti teravat, kuigi kaudset kriitikat Trumpi välis- ja kaitsepoliitika aadressil. Kirja järel teatas Trump, et Mattis lahkub ametist senistest plaanidest veelgi varem.

Samas on USA meedia nentinud, et seni on Shanahani avalikud seisukohad asekaitseministrina peegeldanud eelmise kaitseministri Mattise ja ka USA julgeolekupoliitika põhilisi lähtekohti. Eriti märkimisväärne on see, et Shanahan on varem esitanud väiteid, mida praegu esitavad need, kes kritiseerivad Trumpi otsust väed Süüriast kiirkorras välja tuua. Ka on ta rõhutanud, et USA pühendumine NATO-le on kindel ja eitanud väidetavat plaani nõuda USA sõdureid majutavatelt liitlastelt nimetatud üksuste kulude täies mahus tasumist ja sellele lisanduvat tasu.

Kriitikute peamiseks etteheiteks Shanahanile on lisaks tema vähesele kogemusele riigiametnikuna väited, et ta olevat oma praeguses ametis soosinud oma kunagist tööandjat ehk lennukitootjat Boeing. Shanahan töötas Boeingu heaks 30 aastat ning Massachusettsi Tehnoloogiainstituudi haridusega mees tõusis firmas tavatöötajast asepresidendi ametikohani.

Igal juhul on ebatavaline, et Pentagoni on juhtinud nii kaua kaitseministri kohusetäitja. Väidetavalt tulenes see asjaolu sellest, et mitmed võimalikud kandidaadid - vabariiklastest senaatorid Lindsey Graham, Tom Cotton ja endine senaator Jon Kyl - loobusid võimalusest Trumpi administratsioonis kaitseministriks hakata. Üheks võimalikuks kandidaadiks oli ka senine õhuväeminister Heather Wilson, kes aga teatas, et vahetab üleüldse töökohta ning asub tööle Texase Ülikooli juhina.

Shanahani kandidatuurile peab andma heakskiidu senat ning hetkel paistab, et senatit kontrollivate vabariiklaste seas tema suhtes mingit märkimisväärset vastasseisu ei esine. 2017. aasta juulis kinnitas senat Shanahani asekaitseministriks häältega 92-7.