Nüüdseks on kinnistud Niguliste tänav 3 ja Weitzenbergi tänav 37 muuseumi valduses. See on kinnitatud kultuuriminister Tõnis Lukase käskkirjaga.

Küsimusele, miks neid kinnistuid kohe asutamise järel muuseumile üle ei antud vastas ministeerium: "Sel hetkel oli lõpliku lahenduseta Niguliste kiriku Eesti Evangeelse Luterliku Kirikule (EELK) võimaliku tagastamisega seonduvad küsimused. Seega peeti otstarbekas, et riigiasutuse Eesti kunstimuuseum kasutuses olnud kinnistute omand jääb riigile ning kultuuriministeerium sõlmib kuni Niguliste kiriku omandisuhetega seotud küsimuste lahendamiseni sihtasutusega kinnistute ja hoonete kasutamiseks rendilepingud."

2018. aasta lõpus saavutati EELK-ga kokkuleppe, mis tagab ministeeriumi teatel, et Niguliste kiriku hoone jääb Eesti kunstimuuseumi filiaaliks ja kontserdisaaliks.

Valitsuse otsuse kohaselt eraldati EELK-le riigieelarvest 6,8 miljonit eurot ja EELK omakorda loobus Niguliste kiriku ning sealsele kogudusele kuulunud vallasvara tagastamise nõudest.

EELK teatas tänavu suvel, et kavatseb peaaegu pool riigilt Niguliste kiriku eest kompensatsiooniks saadud 6,75 miljonist eurost kasutada Tallinna toomkiriku restaureerimiseks ja Mustamäe kiriku ehituseks. Ülejäänud rahast kasutatakse tänavu umbes pool miljonit põhikirjaliste eesmärkide jaoks.