Nõukogu esimehel on vastavalt Eesti Maaülikooli seadusele ülikooli juhtimises kandev roll. Nõukogu pidas esimeest valides määravaks Karise pikaajalisi kogemusi haridusjuhina.

Alar Karis oli tolleaegse Eesti Põllumajandusülikooli ja hiljem Eesti Maaülikooli rektor aastatel 2003 – 2007. Pärast seda valiti ta Tartu Ülikooli rektoriks (2007 – 2012). Alar Karis on korduvalt valitud Rektorite Nõukogu esimeheks. Lisaks rektoriametitele on Karis töötanud riigikontrolörina ning 2018. aasta aprillist on ta ERM-i direktor.

Vastavalt mullu 1. septembrist kehtima hakanud Eesti Maaülikooli seadusele muutus ülikooli juhtimine selle aasta alguses kahetasandiliseks. Nõukogu on maaülikooli kõrgeim juhtimisorgan, kes otsustab ülikooli strateegiliste küsimuste üle ning vastutab kestliku arengu eest. Näiteks jäävad nõukogu käsitleda olulised majandus- ja finantsalased ning varaga seotud otsused.

Seitsmeliikmelisse nõukokku valib kolm liiget ülikooli senat, ühe liikme nimetab Eesti Teaduste Akadeemia ning kolm liiget nimetab valdkonna eest vastutav minister.

Nõukokku kuuluvad lisaks Karisele ettevõtja ja Graanul Invest juhatuse esimees Raul Kirjanen, maaeluministeeriumi kantsler Tiina Saron, maaülikooli professorid Marika Mänd ja Riho Gross, dotsent Paavo Kaimre ning Keemilise ja Bioloogilise Füüsika Instituudi juhtivteadur, akadeemik Anne Kahru.