6,5 miljoni elanikuga Kõrgõzstan erineb teistest Kesk-Aasia riikidest selle poolest, et seal ei ole autoritaarset režiimi. Samal ajal on enamik võimuvahetusi kulgenud revolutsioonilisel teel. 15 protsenti elanikkonnast on usbekid, kes elavad kompaktselt riigi loodeosas.

1985. aastal määrati Kirgiisi NSV kompartei uueks juhiks Absamat Masalijev. Ta viis küll ellu mõningaid reforme, kuid seisis kindlalt kompartei ainuvõimu säilitamise eest. Pärast rahvuslikult meelestatud noorsoo meeleavaldusi Kasahstani pealinnas Almatõs detsembris 1986 toimusid Kirgiisi NSV-s poliitilised puhastuskampaaniad. Mitmed kõrgkoolide professorid sildistati natsionalistideks, neid karistati ja vallandati töölt.

Paljud perestroika ajal tekkinud kodanikuühendused ühinesid Kõrgõzstani demokraatlikuks liikumiseks. Oktoobris 1990 kuulutasid selle esindajad ülemnõukogus välja näljastreigi. Nende poliitilisteks nõudmisteks olid vabariigi juhtkonna tagasiastumine, suveräänsusdeklaratsiooni vastuvõtmine, ajakirjandusvabadus, presidendi valimine salajastel alternatiivsetel valimistel jne.

Olukorra lahendamiseks seati Kirgiisi NSV presidendi kandidaadiks akadeemik Askar Akajev. Füüsika-matemaatikateaduste doktor ja Kirgiisi NSV teaduste akadeemia president Akajev valitigi oktoobris 1990 presidendiks. 15. detsembril võttis ülemnõukogu vastu deklaratsiooni vabariigi suveräänsusest.

Pärast Moskvas toimunud riigipöörde ebaõnnestumist kuulutas Kõrgõzstan end 31. augustil 1991 iseseisvaks. 12. oktoobril toimus referendum presidendi volituste kinnitamiseks. Askajevi poolt andsid hääle 95 protsenti referendumil osalenutest.

1993. aasta kevadel võeti vastu Kõrgõzstani konstitutsioon, mis kinnitas presidentaalse valitsemisvormi. Akajev valiti tagasi presidendiks 1995. ja 2000. aastal. Kahel korral pikendas ta oma presidendivolitusi üldrahvalikul referendumil. Tema valitsemisaega jäi iseloomustama suhteliselt stabiilne poliitiline olukord, poliitiliste jõudude mitmekesisus ja ajakirjandusvabadus.

Teisalt kaasnes Akajevi valitsemisajaga korruptsioon ja töötus, mis viisid nn Tulpide revolutsioonini. Erinevalt teistest Kesk-Aasia riikidest ei toimunud Kõrgõzstanis pseudorahvuslikke kampaaniaid. Vastupidi, 2001. aastal sai vene keel ametliku staatuse.

Suvel 1999 püüdsid Usbekistani islami sõdalased Afganistanist ja Tadžikistanist tungida Kõrgõzstani edelaosa kaudu Usbekistani. Kõrgõzstani armee võitlusvõimetuse tõttu lubati riigi territooriumile Usbekistani armee väeosad. Pamiiri suunast sisse tunginud islamistidega sai Kõrgõzstan juba ise hakkama, saades relvastuse osas abi Venemaalt.

2001. aastal andis Kõrgõzstan USA käsutusse Manasis asunud lennuväebaasi terrorismivastase operatsiooni varustamiseks Afganistanis. 2009. aastal baas suleti, kuid tegutses peagi edasi kuni 2014. aastani USA õhujõudude kaubaveo transiidipunktina.

2005. aastal toimunud parlamendivalimised võitsid taas president Akajevi poolehoidjad. Parlamenti valiti ka tema poeg Aidar ja tütar Bermet. Valimised olid ebaausad ja valimistulemuste võltsimine kõigile arusaadav.

Opositsioon kutsus inimesi üles protestidele. Riigis puhkes võimudevastane ülestõus, mis jõudis peagi pealinna Biškekki. Ülestõusnud vallutasid tormijooksuga presidendipalee, kuid Akajevit seal enam ei olnud, ta oli põgenenud Venemaale. Moskvas kohtus ta Kõrgõzstani parlamendi delegatsiooniga ja kirjutas presidendi kohalt tagasiastumise avalduse.

Presidendivalimistel juunis 2005 saavutas veenva võidu opositsiooni liider, endine peaminister Kurmanbek Bakijev. Ta sai võidu ka 2009. aasta presidendivalimistel. Kuid 2010. aastal puhkesid riigis taas protestimeeleavaldused.

Kõrgõzstani elanikud ei olnud rahul madala elatustasemega, võimude suutmatusega lahendada sotsiaalseid probleeme, samuti Bakijevi autoritaarse juhtimisstiiliga, kus võtmekohad riigis kuulusid tema sugulastele ja lähikonnale, peamiselt Oši piirkonnast pärit inimestele.

Ühinenud opositsioon valis oma liidriks endise välisministri Roza Otunbajeva. Opositsiooni toetajad vallutasid rahvuskaardi ja miilitsa vastupanu murdes pealinnas Biškekis parlamendi- ja valitsushoone. Valitsus oli sunnitud tagasi astuma, president Bakijev põgenes kodukohta Ošši. Samal päeval moodustati ajutine rahva usalduse valitsus, mille etteotsa asus Otunbajeva.

Venemaa president Dmitri Medvedev saatis Kõrgõzstanis Kantis asuva Vene õhujõudude baasi kaitseks Vene sõjaväeüksuse. Kasahstani põgenenud Bakijev teatas ametlikult tagasiastumisest. Seejärel siirdus ta Valgevenesse. Kuid rahutused riigis ei vaibunud, need kasvasid üle rahvustevaheliseks tüliks. Oši piirkonnas puhkenud kokkupõrgetes usbekkide ja kirgiiside vahel sai surma üle 200 inimese. Samuti ei andnud alla Bakijevi poolehoidjad.

Juunis 2010 toimunud referendumil toetasid Kõrgõzstani elanikud ajutist valitsust ja uut konstitutsiooni, mis muutis riigi parlamentaarseks vabariigiks. Referendum kinnitas ka Otunbajeva volitused riigipeana üleminekuperioodiks kuni 2011. aastani.

Erakorralistel parlamendivalimistel ei saanud ükski poliitiline jõud veenvat enamust. Valitsuskoalitsioonid olid ebapüsivad. 2011. aasta oktoobriks valiti uueks presidendiks Almazbek Atambajev. Erinevalt Bakijevist oli ta selgelt Venemaale orienteeritud välispoliitika elluviija.

2014. aastal kindlustas ta USA õhujõudude transiitpunkti lahkumise Manasist. Kuid tema võimuperioodi saatsid skandaalid. Need olid eelkõige seotud isikute määramisega kõrgetesse riigiametitesse teda teenindava personali, autojuhtide, ihukaitsjate jt seast.

2017. aastal valiti riigi presidendiks peaminister Sooronbaj Džeenbekov. Esimese välisvisiidi tegi ta Venemaale. Kohe tekkisid Kõrgõzstani suurima sotsiaaldemokraatliku partei etteotsa asunud ekspresidendi Atambajevi ja uue presidendi Džeenbekovi vahel suured erimeelsused. Atambajevit süüdistati korruptsioonis ja tema vastu algatati kriminaalasi. Kuna ta ei ilmunud ülekuulamisele, vallutas tema residentsi eriüksus ja ta arreteeriti. Talle mõisteti 11 aastat vanglakaristust.

Pärast parlamendivalimiste tulemuste teatavaks saamist 2020. aasta oktoobris puhkesid Biškekis taas rahutused. Protestijad vallutasid valitsushoone, vanglast vabastati Almazbek Atambajev ja tema kaasvõitlejad, kes olid Džeenbekovi ajal süüdi mõistetud. Keskvalimiskomisjon tunnistas valimistulemused kehtetuks.

Džeenbekov astus presidendiametist tagasi. Presidendi kohuseid asus täitma samuti vanglast vabastatud ja peaministriks nimetatud Sadõr Žaparov. Ta on pärit riigi mägisest idaosast Õsõk-Köli oblastist. Selle aasta aprillis toimunud referendumil võeti vastu uus konstitutsioon, mis oluliselt tugevdas presidendi võimu.

Džeenbekovi ajal toimusid Biškekis Hiina ekspansiooni vastased miitingud. President lubas karistada neid, kelle tegevus segab suhteid Hiinaga. Ka uut presidenti Žaparovit toetavad eelkõige ärimehed, kellel on tihedad sidemed Hiina ettevõtetega. Tema isa sündis ja kasvas Hiinas, kuhu nõukogude võimu eest põgenesid tema vanemad. Nad pöördusid kodumaale tagasi alles 1962. aastal.

Seega näib Hiina mõju Venemaa mõju kõrval kasvavat ka uue presidendi ajal. Kõrgõzstan jääb endiselt SRÜ üheks vaesemaks riigiks, edestades SKT-lt ühe elaniku kohta vaid Tadžikistani.

Kui piiriläbirääkimised Usbekistaniga on Kõrgõzstanil alates 2019. aastast kulgenud edukalt, siis Tadžikistaniga on teine lugu. Aprilli lõpus toimus relvastatud kokkupõrge Kõrgõzstani-Tadžikistani piiril, mille käigus sai surma 36 ja haavata 290 inimest. Konfliktipiirkonnast evakueeriti üle 58 000 elaniku.